과학자들은 개체 수가 해마다 8%씩 줄고 있어 이대로라면 2035년에는 아프리카펭귄이 완전히 멸종하게 될 것이라고 말한다.
개체수 감소 원인으로는 서식지 파괴와 질병 그리고 기름 유출 사고 등이 꼽힌다.
당장 큰 위협은 기후 변화와 어업 활동으로 먹이인 정어리와 멸치 등이 갈수록 줄어 펭귄들이 굶주림에 시달린다는 것이다.
현재 남아공에서는 펭귄보호를 위해 조업 제한과 인공 둥지 설치 등의 노력이 진행되고 있지만 멸종을 막기에는 부족하다고 학자들과 환경단체들은 지적한다.