김종훈 통상교섭본부장은 5월15일~19일간 수잔 슈워브 미 무역대표 및 알렉산더 버시바우 주한미대사와 한·미 쇠고기 수입위생조건 관련 추가 협의를 갖고 서한 교환 형태로 보완 조치에 합의했다. 양국 통상장관은 이번 서한을 통해 수입위생조건 5조(국민건강 보호를 위한 필요조치) 및 1조9항(한·미 수입위생조건과 미 국내 규정상 SRM 정의 차이)와 관련하여 불분명한 부분에 대해 상호 입장을 일치시켜 보다 명확히 했다. 보완조치에 따르면, 슈워브 미 무역대표는 김종훈 통상교섭본부장 앞으로 보낸 서한에서 GATT 20조 및 WTO 동식물검역협정(SPS 협정)에 따라 국민건강을 보호하기 위해 필요한 조치를 취할 권리를 인정한다고 명시했다. 또 광우병위험물질(SRM) 차이와 관련, 내수용과 수출용 쇠고기에 대해 동일한 미국 규정 적용 및 한국에 수출된 쇠고기의 동 규정 위반 발견시, 한국검역당국이 수입위생조건 23조(해당 쇠고기 반송 및 검사비율 증대) 및 24조(2회 위반시 검역 중단)에 의거하여 필요한 조치를 취할 수 있는 권리를 인정한다고 밝혔다. 김 본부장이 슈워브 무역대표 앞으로 보낸 답신에서, GATT 20조 및 WTO 동식물검역협정(SPS 협정)에 따라 각국이 국민 건강을 보호하기 위해 필요한 조치를 취할 수 있는 권리를 가지고 있음을 확인했다. 아울러 한·미 수입위생조건과 미 국내규정상 SRM 차이와 관련한 미측 확인 내용(SRM과 관련한 미국내 규정은 내수용 수출용을 불문하고 동일하게 적용됨을 확인 및 동 규정 위반시 검역조치 취할 한국의 권리 인정)을 평가했다. 외교통상부는 이번 서한 교환을 통해 그간 주된 논란이 되었던 ▲미국내 광우병 재발시 우리 국민 건강을 보호하기 위해 국제통상법에 따라 필요한 조치를 취할 수 있는 권리 인정 ▲미국의 내수용 및 수출용 쇠고기간 특정위험물질(SRM) 제거에 차이가 없으며 검역과정에서 위반 발생시 우리 검역당국이 관련 조치를 취할 권리를 확인한 것이라고 설명했다.