노무현 대통령은 독도 문제에 대해 정면 대응을 선언했다. 노 대통령은 25일 오전 ‘한·일 관계에 대한 대통령 특별담화문’을 통해“지금 일본이 독도에 대한 권리를 주장하는 것은 제국주의 침략전쟁에 의한 점령지 권리, 나아가서는 과거 식민지 영토권을 주장하는 것”이라며 "이는 한국의 완전한 해방과 독립을 부정하는 행위"라고 규정했다. 우리 국민에게 독도는 완전한 주권회복의 상징으로 민족의 독립을 증거하는 역사임을 대내외에 천명한 것이다. 이에 "독도 문제는 더 이상 조용한 대응으로 관리할 수 없는 문제가 됐다"는 현실인식 아래 지금까지의 조용한 외교에서 탈피해 공개적으로 당당하게 대처해 나갈 것임을 분명히 했다. 노 대통령은 “(독도는) 그냥 우리 땅이 아니라 40년 통한의 역사가 뚜렷하게 새겨져 있는 역사의 땅”이라고 말문을 연 후 “독도는 일본의 한반도 침탈 과정에서 가장 먼저 병탄되었던 우리 땅”이라고 설명했다. 향후 한·일관계에 대해서도“일본이 잘못된 역사를 미화하고 그에 근거한 권리를 주장하는 한, 한·일 간의 우호관계는 결코 바로 설 수가 없다”며 “일본이 이들 문제에 집착하는 한, 우리는 한·일 간의 미래와 동아시아의 평화에 관한 일본의 어떤 수사도 믿을 수가 없을 것”이라고 말했다. 특히 동해해저 지명 등록문제는 “(한·일 간) 배타적 수역의 경계가 합의되지 않고 있는 가운데, 일본이 우리 해역의 해저지명을 부당하게 선점하고 있으니 이를 바로잡으려고 하는 것은 우리의 당연한 권리”라고 천명했다. 노 대통령은 독도문제 대응방침의 전면 재검토와 관련, “독도문제를 일본의 역사교과서 왜곡, 야스쿠니신사 참배 문제와 더불어 한·일 양국의 과거사 청산과 역사인식, 자주독립의 역사와 주권 수호 차원에서 정면으로 다루어 나가겠다”고 밝혔다. 또 “물리적인 도발에 대해서는 강력하고 단호하게 대응”하고 “세계 여론과 일본 국민에게 일본 정부의 부당한 처사를 끊임없이 고발해 나갈 것”임을 밝혔다. 노 대통령은 이를 위해 “일본 정부가 잘못을 바로잡을 때까지 국가적 역량과 외교적 자원을 모두 동원하여 지속적으로 노력하겠다”고 강조했다. 독도문제는 어떤 비용과 희생이 따르더라도 결코 포기하거나 타협할 수 없는 문제라는 것이다. 노 대통령은 일본 국민과 지도자들에게도 “우리는 더 이상 새로운 사과를 요구하지 않는다”며 “이미 누차 행한 사과에 부합하는 행동을 요구할 뿐”이라고 지적했다. 나아가 노 대통령은 “일본이 이웃나라에 대해, 나아가서는 국제사회에서 이 기준으로 행동할 때, 비로소 일본은 경제의 크기에 걸맞은 성숙한 나라, 나아가 국제사회에서 주도적인 역할을 할 수 있는 국가로 서게 될 것”이라고 말했다. 노 대통령은 “일본은 제국주의 침략사의 어두운 과거를 과감히 털고 일어서야 한다”며 “21세기 동북아의 평화와 번영, 나아가 세계 평화를 향한 일본의 결단을 기대한다”는 말로 특별담화를 끝맺었다.