국민고충처리위원회는 택지개발사업으로 인한 고충민원과 관련해 올 한해(1~11월 현재)동안 한국토지공사에 모두 21건의 시정권고를 했지만, 이중 권고 내용을 받아들인 것은 단 2건에 불과하는 등 수용률이 10%에도 못 미치고 있다고 밝혔다. 비슷한 사업을 하고 있는 대한주택공사와 SH공사(구 서울시도시개발공사)가 80%에 가까운 수용률을 보이는 것과 비교하면 크게 못 미치는 수준이다. 한국토지공사가 이렇게 고충위의 시정 권고안에 대한 불수용률이 높은 것은 사업 특성상 택지개발사업지구 내에 위치하고 있는 무허가 건물의 영업보상과 관련한 민원이 많은데 이에 대한 권고를 전혀 수용하지 않기 때문이다. 고충위는 해당 민원들에 대해 일관되게 영업보상은 영업장으로 사용하는 건물이 적법하게 건축되었는지의 여부로 결정되는 것이 아니라 영업자가 당해 영업을 관계법령에 적법하게 허가·신고 등을 했는지의 여부에 따라 결정되는 것이라는 입장이다. 따라서, 해당 민원에 대해 고충위는 무허가 건축물에 대한 건축법상 제재는 별론으로 하고 무허가 건물에서 허가 등이 필요치 않은 자유영업행위를 한 신청인에게 영업손실을 보상토록 시정권고를 하고 있다. 하지만, 한국토지공사는 무허가 건물의 영업보상과 관련하여서는 단 1건의 권고도 수용하지 않았다. 한국토지공사는 불수용의 이유로 “무허가 건물은 영업보상 대상이 아니다”라는 건설교통부의 유권해석을 들고 있다. 그러나, 법원은 건교부나 한국토지공사와 상반된 견해를 보이고 있다. 서울행정법원은 지난 2005년 5월 6일 판결(선고 2004구합3809)을 통해 고충위와 마찬가지로 무허가 건물인지 아닌지는 영업보상의 대상여부를 판단함에 있어 본질적인 사안은 아니라고 판시한 바 있다. 고충위 관계자는 이에 대해 “이 문제는‘법원의 결정은 행정부도 기속한다’는 헌법이 정한 원칙에도 반하는 것이어서 문제의 소지가 크다고 생각한다. 한국토지공사 역시 이 판시내용을 알고 있음에도 불구하고 건교부의 유권해석만을 핑계로 국민의 고충을 외면하는 것은 조속히 시정되어야 한다”고 밝혔다.