제주특별자치도는 보건소별로 다르게 시행함으로 인하여 발생되었던 도민 불편사항을 해소하기 위하여 보건사업 차별화에 따른 도민불편사항 해소 지침을 마련 2009. 1월부터 추진해 나가기로 했다. 제주특별자치도는 기존 지방자체단체 보건소별로 차등있게 시행되고 있던 일부 보건사업이 농어촌 지역 주민에 대한 역차별로 비추어 지는 사례가 발생되는 등 도민불편 사례가 있음에 따라 이를 개선하기 위한 지침을 마련하여 시행한다고 밝혔다. 『보건소 사업 차별화에 따른 도민 불편사항 해소 지침』의 주요 내용으로는- 도민 B형간염 보균자 찾기 사업 일부보건소에서 특수시책 사업으로 추진했던 무료 B형간염보균자 찾기사업을 전보건소로 확대.시행하여 도민들이 원할 경우 B형간염 보균자에 한하여 무료로 항원.항체검사를 실시하여 간질환 예방사업을 확대 추진키로 하였다.- 노인 안 검진 지원 사업 노인 안 검진 지원사업 지원대상자를 65세이상(기초생활수급대상자, 저소득층 하위 50%), 국가유공자, 등록장애인으로 단일화 하여 백내장수술비 지원을 확대기로했다- 경로당 방문보건사업 추진 경로당 방문보건사업 추진내용이 보건소별 감기약 투약, 파스제공 등 차별 시행됨으로 인한 불편사항을 개선하여 방문사업은 보건교육, 건강상담 위주의 사업을 중점 추진하여 노인 스스로 건강관리 능력을 배양하기로 했다.- 임산부에 대한 철분제 지원사업 모자보건사업의 하나로 추진하는 임산부에 대한 철분제 지원사업을 전보건소에서 임신 5개월(20주) 이상 임산부를 대상으로 1인 5회로 확대하여 지원키로 하였음. 특히 임신성 빈혈이 확인된 임산부는 의사의 처방에 따라 4개월(15주)부터 조기 지원도 가능하게 하였다.- 세균검사업무 보건소 이관에 따른 대책 추진 환경자원연구원에서 시행되었던 일부 세균검사업무(10종)가 보건소로 이관 됨에 따라 신설보건소 등 장비 및 인력이 부족한 보건소의 검사업무를 제주보건소 및 서귀포보건소 검사실에서 실시토록 하여 검사업무가 차질없이 수행될 수 있도록 업무조정을 하여 식중독 원인검사 등에 만전을 기하기로 하였다.