정부가 경제활력 제고와 미래성장 동력 확보를 위해 활용 가능한 세제 지원을 총동원하기로 했다.

또한 기업의 생산성 향상시설 투자세액공제율은 한시적으로 높이고, 투자세액공제 적용 대상도 확대한다. 아울러 신성장 및 원천기술 연구개발(R&D)에 대한 세제지원도 대폭 늘린다.

정부는 25일 세제발전심의위원회를 열고 이 같은 내용의 ‘2019년 세법개정안’을 확정했다. 내년 세법 개정안의 핵심은 기업 투자 활성화를 통한 경제활력 회복이다.

김병규 기획재정부 세제실장은 “기업이 적극적으로 투자를 앞당길 수 있도록 투자 관련 세제지원을 한시적으로 보강했다”며 “세제 측면에서 경제활력을 적극 뒷받침 하기 위한 세법개정안”이라고 설명했다.

◇경제활력 회복·혁신성장 지원

정부가 투자 부진을 타개하기 위해 내년부터 1년간 한시적으로 대기업의 생산성 향상 시설에 대한 투자세액공제율을 1%에서 2%로 상향조정한다. 중견기업은 3%에서 5%, 중소기업은 7%에서 10%로 공제율이 높아진다. 지난 3일 하반기 경제정책방향에서 발표했던 ‘민간투자 촉진세제 3종 세트’ 중 하나다.

전북 군산, 경남 거제ㆍ통영 등 위기지역 창업기업에 대한 세제지원 역시 확대된다. 세액감면 범위를 5년간 소득세와 법인세를 100% 감면해 주고 이후 2년간 50%를 추가로 깎아준다. 규제자유특구 내 중소ㆍ중견기업 투자세액공제도 중소기업 기준 3%에서 5%(중견기업 1~2→3%)로 확대한다.

일본의 수출 규제 등으로 기업들의 경영 불확실성이 높아짐에 따라 정부가 수출 중소·중견기업의 자금부담 완화 차원에서 수입부가가치세 납부유예 적용요건을 완화키로 했다.

수출 비중이 30% 이상인 중소기업과 수출 비중 50% 이상인 중견기업은 수입시 납부하는 부가세를 세무서에 정산 신고할때까지 납부를 유예할 수 있게 된다. 기존에는 수입할때 세관에 수입 신고를 하면서부터 부가세를 납부했었다.

신성장·원천기술 연구개발(R&D) 비용에 대한 세액 공제도 확대된다. 해당 세액 공제 대상 기술에 혁신성장 관련 기술이 추가된다. 세액공제 이월기간은 현행 5년에서 10년으로 확대된다. 내국 법인이 직·간접적으로 지배하는 외국 연구기관에 대한 위탁 연구비에 대해서도 세액 공제가 적용된다.

◇경제사회 포용성·공정성 강화

비정규직을 정규직으로 전환하는 중소·중견기업에 대한 세액공제가 내년에도 적용된다. 전환 인원 1명당 중소 1000만원, 중견 700만원의 세액공제 혜택이 주어진다.

또 사회적기업·장애인 표준사업장도 세액감면을 받을 수 있다. 이들 사업장은 3년간 소득세·법인세를 100% 감면해주고 2년간 50%를 감면 혜택이 제공된다.

아울러 장애인 등 취약계층 고용을 유도하기 위해 사회적기업 등을 대상으로 고용인원과 연계한 감면한도를 신설해 ‘고용친화적’으로 재설계한다. 감면한도는 1억원에 취약계층 상시근로자 수 × 2000만원을 더한 금액이다.

정부는 음식점 등 영세사업자 지원을 위해 면세농산물 의제매입세액 공제율 및 공제한도 특례 적용기한은 2021년 말까지 2년 연장한다.

이와함께 중고자동차 의제매입세액공제 특례 적용기한도 2020년 말까지 1년 연장하기로 했다. 의제매입세액공제는 사업자가 사들인 쌀·채소나 자동차 등 상품 가격에 부가가치세가 이미 일정 수준 반영된 것으로 간주하고 해당 사업자가 내야 할 세액을 공제하는 제도다.

일하는 저소득층을 지원하기 위해 소득이 적은 사람에게 지급하는 근로장려금의 최소지급액을 내년부터 3만원에서 10만원으로 상향 조정된다. 단독 가구는 총 급여액 400만원 미만, 외벌이 가구는 700만원 미만, 맞벌이는 800만원 미만 소득을 올리는 계층이 여기에 해당한다.

사적 연금에 대한 세제지원도 확대한다. 노후연금 활성화를 위해 ISA(종합자산관리계좌) 만기계좌의 연금계좌 전환이 허용되고, 세액공제 대상 납입한도도 늘어난다. 연금계좌 총 납입한도는 현행 연 1800만원 이내에서 앞으로는 1800만원 이내에 ISA 만기계좌 금액을 합산한 금액이다.

연금계좌 세액공제 대상 납입한도 또한 연금저축 300만~400만원(퇴직연금 합산시 700만원)에서 ISA 만기계좌의 연금계좌 전환금액의 10%(300만원 한도)를 더한 금액으로 늘어난다.

노후대비 필요가 큰 50세 이상에 대해서는 세액공제 대상 연금계좌 납입한도를 3년간 한시적으로 현재 400만원에서 600만원으로 상향 조정한다. 또한 장기 연금수령을 유도하기 위해 퇴직연금 수령기간이 10년을 초과하는 경우 세제혜택 확대한다.

현재는 수령기간과 관계없이 퇴직소득세의 70%를 적용하지만 앞으로 수령기간 10년 이하시 퇴직소득세의 70%, 10년 초과시 60%를 적용한다.

과세형평성 제고를 위해서 1세대 1주택 양도소득 과세특례를 합리화기로 했다. 소형주택 임대사업자에 대한 감면 혜택은 축소한다.

또 소형주택 임대사업자에 대한 소득세와 법인세 세액감면율은 줄어든다. 세액감면율은 4년 8년 임대시 30%, 75%에서 20% 50%로 조정된다.

◇조세제도 합리화·세입기반 확충

내년부터 납세자보호관이 세무조사 과정에서 위법 행위를 한 세무 공무원의 교체·징계를 요구할 수 있다. 조세 불복 절차의 투명성·공정성을 높이기 위해 조세 심판과 심사청구 절차 관련 중요 사항의 결정기관이 합의체로 변경된다.

또, 납세자가 국세청 세금 부과에 불복해서 제기하는 심사청구에 대한 결정을 내년부터는 위원장(국세청 차장)과 위원 10인으로 구성되고 의결기관으로 승격된 국세심사위원회의 의결을 거쳐 결정한다.

조세제도도 합리적으로 개편된다. 대기업 최대주주가 지분을 상속·증여할 때 세율에 적용하는 할증률이 최대 30%에서 20%로 하향 조정된다. 내년까지 유예하기로 한 중소기업의 할증은 아예 백지화하기로 했다.

정부는 내년부터 근로소득공제 한도를 2000만원으로 설정해 초고소득자로부터 총 640억원에 달하는 세금을 더 걷기로 했다.

또 임원 퇴직소득 한도도 축소해 360억원을 거두는 등 전반적으로 고소득자에게 총 1000억원에 달하는 세수를 확보하기로 했다.

한편 내년도 개정안은 다음 달 14일까지 입법예고를 한 뒤 국무회의를 거쳐 9월 3일 정기국회에 제출한다.