노무현 대통령은 16일 김종빈 검찰총장의 사표 수리 방침을 결정하고, 일각에서 제기되는 천정배 법무부장관 해임 주장을 일축하며 천 장관에 대한 신임을 재확인했다. 문재인 청와대 민정수석은 이날 기자간담회를 갖고 "대통령께서 김 총장의 사표 수리를 결정했다"며 "검찰총장 사퇴는 대단히 안타깝고 유감스러운 일이지만, 김 총장의 사표제출은 검찰의 권위나 신뢰, 검찰권의 독립을 위해서도 도움이 되지 않는 부적절한 처신이라는 판단이 사표를 수리한 이유"라고 밝혔다. 문 수석은 야당의 천 장관 해임 요구에 대해 "법무장관의 거취문제, 동반사퇴라고까지 표현되는 부분은 전혀 고려대상일 수 없다"며 "한나라당에서 해임건의가 있고, 검찰 내부에서 일부 동요와 반발이 있다는 이유로 적당하게 타협할 일이 아니며, 법과 원칙을 반드시 지켜나가겠다는 것이 대통령의 뜻"이라고 말했다. 문 수석은 "법무장관의 지휘권 행사가 검찰의 독립을 침해한 것이라는 주장은 법 논리로 볼 때 대단히 부당하며, 검찰권 독립이 검찰이 아무런 견제를 받지 않고 무소불위의 권한을 행사하는 것이 아니라 민주적 통제아래서만 보장되는 것"이라고 강조했다. 문 수석은 "검찰의 판단이 항상 옳지는 않다"며 "박주선 전 의원에 대한 거듭된 무죄가 검찰권 남용으로 지적된 바가 있고, 송두율 교수 사건 때도 북한 내 서열이 몇 위니 하면서 엄청난 사건인 것처럼 몰아서 구속했지만 막상 법원의 판결을 보니 구속이 아주 민망한 일이 되고 말았고, 국제적으로도 아주 망신스러웠다"고 지적했다. 문 수석은 이어 "검찰권의 남용을 막고 검찰권이 인권보장과 민주주의 정신에 맞게 행사되려면 민주적 통제가 반드시 필요하다"며 "우리 헌정제도상으로 검찰권에 대한 민주적 통제의 제도적 장치는 두 가지로, 국회의 검찰총장 탄핵과 국민이 선출한 대통령에 의해 임명된 법무장관의 검찰권에 대한 지휘"라고 말했다. 그는 "이렇게 법무장관의 적법하고 정당한 권한 행사까지 검찰의 자존심과 명예를 침해하는 것으로 받아들이는 것은 일부 검찰이 검찰권의 독립과 검찰권에 대한 민주적 통제에 대한 법리를 오해한데서 비롯된 것"이라고 말했다. 문 수석은 "경찰의 의견이 잘못됐으면 검찰이 기각을 하거나 보완수사요구를 하는데 그것을 갖고 무슨 경찰권을 침해한 것이라고 하지 않는다"며 "검찰총장과 법무장관 사이에 의견이 다를 경우에 최종적으로 해결하는 수단이 바로 검찰청법 8조에 규정된 법무장관의 지휘권이며, 과거같으면 법무장관이 수사검사나 서울중앙지검장에게 지시했겠지만, 그렇게 하지 않고 검찰총장에 대해서 지휘한 것이야말로 검찰독립을 보호해준 것"이라고 강조했다. 그는 또 "법 제도상 검찰권 독립을 보장하는 제도적 장치는 검찰총장 임기제"라며 "그런 면에서 검찰총장이 보장된 임기를 채우지 못하고 그만둔다는 것은 대단히 부적절한 처신이며, 검찰권 독립을 위해 도움이 안된다"고 지적했다. 문 수석은 이어 "검찰 수사가 인권을 존중하고, 구속수사 관행에서 벗어나 불구속 수사원칙을 최대한 확대해나가야 한다는 검찰권 운용의 시대정신을 따를 필요가 있다"며 "그 시대정신에 대한 해석이 정부기관간에 다를 경우 그 최종적 해석권한은 국민에 의해 선출된 대통령에게 있다고 본다"고 말했다.