제주특별자치도에서는 중국에서 다량 발생하여 제주연안으로 밀려와 해안가 및 해수욕장에 유입된 가시파래 수거에 모든 행정력을 기울이고 있는 가운데 최근 제주도 서방 약 125마일 해상에서 적조생물이 발견됨에 따라 어업지도선은 물론 어선어업인과 해경의 헬기ㆍ함정 등 협조를 얻어 적조의 이동경로 파악을 위하여 예찰활동을 강화하는 등 해양환경변화에 대한 특별 대응방안을 마련하고 피해예방에 주력하고 있다. 2008. 8. 4일 한국해양연구원에서 업무수행중 제주 서남서 125마일 해상에서 발견한 적조에 대해서는 현재 이동경로 파악을 위하여 계속 어장예찰을 실시하고 있다. 현재 적조띠의 예상 이동경로 파악을 위하여 제주대학교의 협조로 이동모델을 작성하였고, 현지 어장예찰을 위하여 해양경찰서 헬기를 이용한 항공예찰을 해주도록 요청함과 동시에 우리 도 어업지도선과 연구소의 시험조사선 예찰은 물론 제주어업정보통신국을 통한 어선들에게 동 사항을 전파하여 적조상황 등 이상현상 발견시 즉시 통보하여 주도록 하는 등 하늘과 바다에서 입체적으로 예찰활동을 추진하고 있으며, 지속적으로 제주지역으로 접근하고 있는 것이 예찰될 경우 국립수산과학원 적조생물팀과의 공조체계 구축과 함께 제주해양경찰서, 제주수산연구소, 해양수산자원연구소 및 행정시를 총망라한 종합적인 대책반을 구성하고 조기 처리방안을 모색하기로 했다. 제주특별자치도에서는 금번 발생된 적조생물이 독성이 없다하더라도 적조띠가 제주연안으로 유입될 경우 우리 제주해안의 청정성 이미지가 훼손될 것을 우려하여 적극적으로 대응할 계획이다.