홍성군은 전국 제일의 축산군으로 법정전염병 발생시 축산농가의 재산상 피해와 지역경제에 악영향을 초래하는 전염병을 사전에 차단하기 위한 방역대책을 추진한다. 군은 구제역 등 법정 1종전염병을 비롯해 인수공통전염병인 조류인플루엔자, 부루세라병 등 주요 가축전염병 방역대책을 마련, 가축질병 제로화를 추진하기로 했다. 군은 구제역과 부르세라병(한우, 젖소), 돼지콜레라, 조류인플루엔자와 뉴캣슬병(닭) 등 축종별 주요 가축전염병 방역대책을 수립했다. 또 축산농가 소독 및 예찰활동을 강화하기로 하고 80농가에 소독시설을 지원하고 방역에 필요한 소독약품 지원하는 것을 비롯, 읍․면별 예찰요원을 전담 지정하는 등 예찰활동을 강화한다. 긴급방역약품 구입지원, 소독약희석용 계량컵 지원, 오지마을 가축순회 진료사업 등 자체 가축방역사업도 추진하고 「전국일제소독의 날」의 운영 내실화를 위해 공동방제단에 대한 운영비지원 및 축산농가 현지점검을 실시, 위반자에 대해 행정처분키로 했다. 특히 소, 돼지 등 생축이나 도축된 지육의 이동관리시스템 구축하는 이동가축방역관리시스템(검역원)구축 시범사업에 참여하여 가축이동으로 인한 전염병 발생 가능성을 줄이기로 했다. 이밖에 축협, 한우․양돈․양계협회, 가축위생방역본부 등 유관기관이 참여하는 가축방역회의를 열어 악성가축전염병이 발생할 경우 기관별 분담역할을 협의 조정하여 효율적인 방역사업을 추진한다.