정부는 행정중심복합도시건설특별법은 과거 신행정수도법에 대한 헌재의 위헌결정내용을 적극 반영했기 때문에 위헌소지가 없으며, 따라서 특별법의 위헌확인 헌소는 각하되거나 기각돼야 한다고 밝혔다. 건설교통부와 행정중심복합도시건설추진위원회는 지난달 15일 최상철 교수, 서울시·과천시 의회의원 등 222명의 청구인이 이석연 변호사를 통해 제출한 행복도시특별법 위헌확인 헌소에 대한 의견서를 헌재에 제출했다고 18일 밝혔다. 청구인들이 특별법에 대해 위헌결정이 선고된 신행정수도법과 동일입법일 뿐 아니라 국민투표권·청문권·평등권 등 헌법상 보장된 국민의 기본권을 침해했다는 주장에 대해 건교부와 추진위는 의견서에서 "청구인들이 위헌이라고 주장하는 사유들은 모두 청구요건을 갖추지 못했거나 이유가 없으므로 각하되거나 기각돼야 한다"고 반박했다. 정부는 의견서를 통해 "국회에서 특별법을 제정하는 과정에서 헌재의 위헌결정내용을 반영하는 것을 최우선의 원칙으로 해 충분한 법률적인 검토를 거쳐 법안을 심의·의결했기 때문에 특별법은 위헌성의 소지가 전혀 없다"고 밝혔다. 정부는 또 "신행정수도법과 특별법은 단지 도시건설사업의 절차와 방식 등 부수적인 규정들에서만 유사할 뿐 위헌결정에 영향을 미친 핵심사항은 수정했으므로 엄연히 다른 법률"이라며 "(복합도시 건설은)관습헌법사항인 '수도'를 이전하는 것이 아니라 행정기능 중심의 복합'도시'를 건설하는 것"임을 분명히 밝혔다. 수도분할이므로 관습헌법을 위반했다는 청구인들의 주장에 대해서도 의견서는 "헌재의 위헌결정에서 수도의 결정적 요소로 지적한 국회와 대통령, 6개 부처가 서울에 잔류한다"며 "헌재는 '정부조직의 분산배치는 정책적 고려가 가능하다'고 명시적으로 판시했으므로 총리와 12개 부처를 이전한다 해도 대한민국의 수도는 여전히 서울이며 따라서 수도분할이 아니다"고 밝혔다. 정부는 이와 함께 국무총리가 지근거리에서 대통령을 보좌해야 한다는 관습헌법을 위반했다는 주장에 대해 "헌재는 총리의 소재지를 수도의 판단기준으로 보고 있지 않으며 총리가 지근거리에서 대통령을 보좌하는 것이 헌법적 요청이라고 할 수는 없다"고 밝혔다. 아울러 행복도시특별법이 청문권 등 국민의 기본권을 침해했다는 주장에 대해서는 "특별법 제정 추진과정에서 65차례의 간담회·토론회·공청회 등을 통해 충분한 의견수렴을 거쳤고 합리적 기준과 절차에 따라 연기·공주지역을 입지로 선정했다"며 "특별법 시행으로 서울이 수도라는 지위에 어떠한 변동도 야기되지 않으므로 청문권·평등권·공무담임권 침해 등의 주장은 모두 이유가 없다"고 반박했다. 한편 건교부와 추진위는 "특별법이 헌재의 위헌결정 취지를 존중하면서도 국가균형발전이라는 헌법상 책무를 다하기 위해 여야 합의로 제정된 법률"이라며 "서울시·과천시 등 이해관계기관의 의견서가 헌재에 접수될 경우 이를 검토해 필요하면 보충의견서를 추가적으로 제출할 계획"이라고 밝혔다.