'진실규명과 화해를 위한 기본법(이하 진실규명법)'을 둘러싼 쟁점은 크게 조사범위 대상과 조사기구의 성격 및 권한에 대한 것으로 나누어 볼 수 있다. 한나라당은 여당의 진실규명법에 대응해 '현대사 정리 기본법(이하 현대사법)'을 국회에 제출했다. 법안명칭에서부터 과거사법을 바라보는 시각 차가 드러난다. 진실규명법이 과거사 진상 규명을 위한 조사 및 명예회복, 화해에 초점을 둔 반면에 현대사법은 학술적인 진상규명, 명예회복을 염두에 두었다. '현대사 정리 기본법'은 민간기구인 학술원 산하 연구소로 조사기구의 성격을 규정하고 조사 대상에 항일독립운동과 북한정권 및 좌익세력이 일으킨 테러 행위를 포함시킨 것이 특징이다. 한편 열린우리당은 "진상규명은 보복이나 처벌이 아닌 용서와 화해, 국민통합이 목적"이라는 점을 강조하고 있으며 한나라당은 "현대사를 재조명하는 것은 역사발전의 과정이 되어야지 역사단절이 되어서는 안된다"는 주장을 펴고 있다. ◆ 조사 범위 대상 = 여당의 법은 공권력에 의한 불법행위에 주목, 항일독립운동사 등을 제외했다. 또 보훈처에서 독립유공자 발굴사업을 진행중인만큼 업무가 중복된다는 입장이다. 반면 야당의 법은 공권력에 의한 피해 뿐 아니라 항일운동과 해외동포사 등 긍정적인 부분도 포함해 다룬다는 입장이다. 또한 특정 이념에 기우는 것을 방지하기 위해 북한정권과 관련된 각종사건도 조사대상에 포함시켰다. ◆ 조사기구의 성격 및 권한 = 열린우리당이 조사기구를 '국가인권위원회'와 같은 독립적인 국가기구로 규정한 것과 달리 한나라당은 ‘현대사정리위원회’라는 민간기구로 규정했다. 야당은 조사의 목적에 현대사 재조명이라는 학술적인 성격을 포함하면서 위원 자격은 △ 역사고증·사료편찬 등의 연구 활동에 10년 이상 종사한 자 △ 공인된 대학에서 전임교수 이상의 직에 10년 이상 재직한 자 △ 판사 ·검사 ·군법무관 또는 변호사의 직에 10년 이상 재직한 자 △ 4급 이상 공무원으로 역사고증 ·사료편찬 등과 관련된 업무에 5년 이상 재직한 자 가운데 대한민국학술원, 국사편찬위원회, 광복회, 역사학회, 대한변호사협회가 각각 1인을 추천해 대한민국 학술원장이 임명토록 했다. 조사기간도 여당 법안보다 긴 기본 6년에 필요시 3년 연장이 가능하도록 했다. 열린우리당은 단순한 역사정리가 아닌 진실규명과 국민화합은 민간기구로는 불가능하다는 입장이다. 실질적 조사권한을 가진 국가기구라야 제대로 된 조사와 진상규명이 이뤄질 수 있다는 주장이다. 이에 따라 열린우리당은 자료제출 요구권을 강화하는 한편 영장청구의뢰권, 청문회 개최, 통신자료 요청, 동행명령권, 재정신청권 등을 위원회에 부여했다. 반면 한나라당은 과도한 권한을 부여할 경우 권력기관화할 우려가 있다며 동행명령권 부여에는 반대 입장을 취하고 있다.