정부는 일본의 독도 주변 해역 수로측량계획에 대해 17일 오전 외교통상부 등 관계부처 장관이 참석한 2차 고위급 대책회의를 갖고 “영유권 문제와는 무관하게 다루되 단호하게 대응해 나가겠다”는 방침을 분명히 했다. 정부 관계자는 이날 오후 브리핑에서 “오늘 회의 내용은 지난 1차 회의와 같이 이번 건을 EEZ(Exclusive Economic Zone, 배타적 경제수역) 문제로 국한하고 영유권 문제와는 무관하게 다룬다는 게 정부 입장임을 재확인했다”고 밝혔다. 이 관계자는 또 “일본이 우리측 EEZ 내에서 수로탐사계획을 철회하도록 계속 외교적 압박을 해나가겠다”며 “그럼에도 불구하고 일본이 수로탐사계획을 철회하지 않고 강행하려 한다면 우리는 이에 대해 단호히 대응할 것”이라고 천명했다. 우리 정부의 입장은 일본의 독도주변 수로조사계획이 독도문제를 국제분쟁화하려는 속내에서 비롯됐다고 보고 일본 측의 의도에 끌려가지 않겠다는 점을 강조한 것으로 분석된다. 또 유엔 해양법과 우리나라 해양과학조사법 등 국제법과 국내법에 의거해 일본의 독도 주변 수로탐사계획을 충분히 저지할 수 있다는 판단이 깔려있다. 반기문 외교통상부 장관도 15일 유럽순방을 마치고 귀국하면서 “우리의 강력한 항의에도 불구하고 일본 측이 (우리측) EEZ 내로 들어온다면 우리는 국제법과 국내법에 따라 엄중 대처할 것”이라고 밝힌 바 있다. 유엔 해양법은 타 국가 EEZ에서 해양과학조사를 하려 할 경우 연안국의 허가를 받아야 하며 허가 없이 이뤄지는 조사에 대해서는 해당 조사를 연안국이 정지시킬 수 있다고 명시하고 있다. 우리나라 해양과학조사법 또한 외국인이 한국 EEZ내에서 허가를 받지 않고 조사하려할 때 정선, 검색, 나포 등 필요한 조치를 취할 수 있다고 규정하고 있다. 일본 정부는 최근 국제수로기구(IHO)에 해양 측량계획 등 탐사 계획을 통보하면서 독도 주변 수역 등 우리측 EEZ를 포함시켰다. 일본측이 IHO에 통보한 수로탐사 기간은 지난 4일부터 오는 6월 30일까지다. "일본의 독도 '수로측량' 저의 알고 대응해야" 그러나 "일본이 시도하는 '수로측량'은 양날의 칼에 비유할 수 있는, 음흉하기 그지없는 계획"이라는 지적도 제기됐다. 김찬규 경희대 명예교수는 17일 문화일보에 기고한 '일본의 '독도 측량' 저의 경계한다'는 글에서 "이 계획은 독도 근처에서 실시되는 것이기에 성공하면 독도에 대한 우리의 권리가 그만큼 훼손될 것이고, 실패한다 하더라도 그 과정에서 일어나게 될 갈등과 마찰은 사태를 국제분쟁의 수준으로 끌어올리게 될 것이기 때문"이라고 그 이유를 설명했다. 김 교수는 수로측량조사를 구실로 국제분쟁을 노리는 일본의 교묘한 계획을 두 가지 구체적인 근거를 들어 설명했다. 첫째, 유엔 해양법 협약상 '해양의 과학적 조사'에는 연안국의 동의가 필요하지만(제246조 2) '수로측정'을 하는 데는 연안국의 동의가 있어야 한다는 규정이 없다. 둘째, 일본이 수로측량에 이용하려는 선박이 상업용이 아닌 해상보안청 소속 비상업용 선박이라는 점이다. 비상업용 정부 선박에 대해서는 국제법상 군함과 똑같은 법적 지위가 인정돼 연안국은 그 선박의 퇴거를 요구할 수 있을 뿐, 정선 검색 또는 나포는 할 수 없게 돼있다는 지적이다. 김 교수는 "결국 이번 사태에서 먼저 퇴거를 명하되 불응하는 경우에는 정선·검색 및 나포도 불사하겠다는 우리 정부의 언급이 과연 관철될 수 있을 것인가 하는 문제가 생기게 된다"며 "정부가 강력하되 슬기로운 대응을 하지 않으면 않되는 이유는 바로 여기에 있다"고 강조했다. 한편 국제법 전문가인 이장희 한국외대 법학과 교수는 17일 MBC라디오 ‘손석희의 시선집중’에 출연해 “정부는 (독도문제에 대해) 신중하게 장기적, 종합적으로 접근하더라도 언론 학자 시민단체는 일본의 독도 역사왜곡과 잘못된 주장에 대해 적극적으로 발언해서 여론을 조성할 필요가 있다”고 강조했다.