정부는 금강산 관광객 피격 사건의 철저한 진상 규명을 위해 통일부 고위공무원과 관계 전문가로 구성된 정부 차원의 합동 조사단을 구성하기로 했다. 숨진 박왕자 씨의 피격 경위에 관한 북측 설명에 대해서도 거듭 의문을 제기했다. 치마를 입은 50대 여성이 백사장 3.3km를 불과 20분 만에 이동했다는 주장은 납득하기 어렵다고 강조했다. 이런 의혹을 해소하기 위해서라도 북측은 남북 당국의 공동조사에 응하는 등 책임있는 조치를 취해야 한다고 강력히 촉구했다. 정부는 특히 지난 2004년 1월, 남북 장관이 맺은 금강산 출입과 체류 관련 합의서 내용을 제시하며 북측의 과잉대응도 문제 삼았다. 한나라당은 북측은 유감표명은 물론 사과해야 하며 책임자도 처벌해야 한다고 촉구했다. 민주당 등 야권도 한목소리로 당국의 철저한 진상조사를 요구했지만 대응 수위에 있어서는 각 당 사이에 차이를 보였다.