이명박 대통령은 12일 오전, 금강산 관광객 피격 사망사건과 관련해 긴급 관계 장관회의를 소집, 대응책을 논의했다. 이날 회의에서 이명박 대통령은 “있을 수도 없고, 있어서도 안 되는 일이 벌어졌다”면서 “정부는 어떠한 경우에도 단 한 명의 국민 생명도 소중히 여기고, 끝까지 책임진다는 자세로 이번 사건에 임해야 한다”고 말했다. 이명박 대통령은 “육안으로 식별이 가능한 시간대에 저항능력도 없는 민간인 관광객에게 총격을 가해 소중한 생명이 희생된 것은 도저히 이해할 수 없는 일”이라면서 “신속한 진상규명과 그에 따른 후속 대책을 강구하라”고 지시했다. 특히 이명박 대통령은 “대한민국의 민간인이 북한군의 총격에 의해 사망한 사건인 만큼 우리의 실체적 진상규명 노력에 북한은 적극 협조해야 한다”고 북한 당국의 협력을 촉구했다. 늑장 보고 의혹과 관련해 이명박 대통령은 “이번 사건이 현대 측에 의해 통일부에 보고되고, 청와대 관련 비서관을 통해 대통령인 나에게 보고되는 데 무려 두 시간 이상이 걸린 것은 정부 위기대응시스템에 중대한 문제가 있음이 확인된 것”이라며 관계자들을 엄중 질책하고, “위기대응시스템의 개선 방안과 재발방지대책을 마련하라”고 지시했다. 아울러 이명박 대통령은 “그 무엇과도 바꿀 수 없는 대한민국 국민의 생명과 관계된 일인 만큼 조속한 진상규명과 함께 한 점의 의혹도 없도록 사건의 실체적 진실을 국민께 소상히 공개하라”고 지시했다. 이날 회의는 오전 11시 30분에 소집돼, 오후 1시 30분까지 약 두 시간 동안 진행됐고, 국방장관, 외교통상부장관, 통일부장관, 국정원장, 총리실 관계자, 청와대 관련 수석 등이 참석했다.