5분마다 수질오염도를 측정하는 수질자동측정소 10개소가 한강, 금강, 낙동강, 영산강.섬진강 수계에 추가로 설치되었다. 이로써 4대강 수계의 수질오염을 감시하는 측정소는 36개소로 늘어났다. 총인, 총질소, 클로로필-a, 휘발성유기화학물질 등 13개 항목을 실시간으로 측정하는 수질측정소는 상수원 상류 및 대규모 공단 하류에 설치되어 하천에 유입되는 오염물질을 실시간으로 감시할 수 있다. 또 독성여부를 파악하기 위해 물벼룩 등 생물경보장치를 가동하고 있으며, 특히 낙동강 수계 측정소에서는 중금속, 페놀 등과 탁도를 추가 측정키로 했다. 이렇게 자동으로 측정된 수질결과는 유역환경청과 환경관리공단의 통합관제센터에 전송되어 오염사고 예방에 기여하고 있다. 환경부 관계자는 ‘추가로 설치한 자동측정소는 하천주변의 개발현황, 입지여건, 과거의 오염사례 등을 분석해 발생이 예상되는 수질오염 항목을 추가로 측정한다’며 맞춤형 감시체계 구축에 의의가 있다고 설명했다. 한편 환경부는 오는 2008년까지 20개의 측정소를 추가로 설치해 전국적인 수질오염 감시체계를 갖출 계획이다.