제주특별자치도에서는 농림수산식품부와 합동으로 2008. 6. 18부터 6. 30일 까지를 FTA이행 기금 과실생산유통지원사업 시.도간 교체점검 기간으로 정하고 시도별 2 ~ 4개 시군을 선정하여 과실생산유통지원사업에 대하여 시.도간 교체점검을 실시한다고 밝혔다. FTA이행기금사업으로 추진중인 과실생산유통지원사업에 시.도간 교체점검을 통하여 점검결과를 차년도 사업계획에 환류하는 관리 체계가 더욱 강화된다. 이 번 시.도간 교체점검반은 FTA이행지원특별법 및 농림사업 시행지침에 의하여 사업시행 시․도와 협의하여 8개 반으로 구성하였으며, 24개 시.군에 대하여 교체 점검을 실시할 계획이며, 우리도에서는 3명이 점검반으로 편성되었다. 주요 점검사항은 사업별로 추진상황, 사업대상자 선정의 적정여부, 사업계획의 변경 절차와 업체 선정의 적정성여부, 사업비 집행 실적, 사후관리 실태에 대하여 중점 점검하게 된다. 앞으로 제주특별자치도에서는 FTA이행기금 과실생산유통지원사업 시.도간 교체점검을 통하여 문제점은 즉시 보완하여 사후관리를 강화해 나가는 한편, 개선사항을 발굴하여 차년도 사업계획에 반영하고, 완료사업은 조기에 자금이 집행될 수 있도록 FTA기금사업 추진에 만전을 기하여 나갈 계획이다.