국가정보원 개혁발전위원회(개혁위)가 “국정원은 세월호의 실소유주가 아니다”고 결론 내렸다. 다만 국정원이 보수단체를 통해 세월호 진상규명에 반대하는 집회를 지원하는 등 여론조작에 관여한 사실은 확인됐다. 

국정원 개혁위는 8일 보도자료를 통해 세월호 매입 및 등기·증개축·운항허가 절차에 있어 관계기관이 발급한 서류상 소유자명이 모두 '청해진해운'이며 청해진해운이 자체적으로 세월호 매입과 증개축에 필요한 비용 165억원을 확보했다고 했다. 

개혁위는 양우회가 세월호의 법적 소유주인 청해진해운 관련 상장·비상장 주식 및 선박 펀드 등 금융상품에 투자한 사실이 없는 것을 확인했다고 밝혔다.

세월호 인양 노트북에 '국정원 지적사항' 파일이 저장된 것에 대해서는 국정원이 2013년 2월 20일 보안업무규정에 의해 국토해양부로부터 2천톤급 이상인 세월호(6천825톤)를 '국가보호장비'로 지정하기 위한 합동 보안측정 요청을 받고, 사전 점검 및 본 측정을 실시했기 때문이라고 설명했다. 

당시 국정원 인천지부 항만담당 직원이 사전점검에서 지적한 'CCTV 추가 신설' 등 미비점 4개에 대해 청해진해운 양대홍 사무장이 메모하였다가 선사 자체 및 유관기관들이 지적한 내용을 추가해 '국정원 지적사항(100개)'으로 저장 및 보관했다는 것이다.

세월호 운항관리규정과 보고계통도에 국정원이 명기된 이유는 청해진해운이 테러 및 선박 리팝 등 비상시에 신속하게 대처하기 위해 보고계통도에 국정원을 포함시켰고, 국가보호장비로 지정된 다른 선박 9척도 국정원이 포함된 비상연락망을 보유하고 있다고 했다. 

국정원의 세월호 관련 여론조작 및 사찰 의혹에 대해서는 당시 국정원 심리전단이 세월호 관련 북한의 유언비어 확산 및 '남남갈등 조장' 대응 차원에서 허위·왜곡 선전을 정정하는 사이버 대응 등을 수행했지만 뉴스파인더 등 소규모 사이트 등에서 제한적으로 실시됐고 유가족 폄훼 및 특별법 반대 등 관련 활동 흔적은 발견되지 않았다고 했다. 다만 국정원이 세월호 관련 보수단체 활동에 개입한 사실은 확인했다

세월호 관련단체와 유가족, 특조위 사찰 의혹에 대해서는 국정원I/O는 2014년 8월 20일 서울동부시립병원장과의 면담과정에서 단식중인 유가족 '김영오' 씨의 건강 상태와 주치의 근무 동향을 청취했는데 해당 I/O는 평소 안면이 있던 병원장 인사차 병원을 방문했다고 하나 김영오 관련 정보를 얻기 위한 정황이 확인됐다고 했다.

해킹 프로그램 활용 유가족 해킹 시도 의혹에도 국정원 개혁위는 RCS 대상 내국인과 서버 저장국 내 휴대전화 번호에 유가족이 포함되지 않았다고 했다.