법무부에서 문병호의원 (인천부평 갑) 실에 제출한 자료에 따르면, 수사기관의 공무원 직무관련 범죄 접수가 늘어나고 있는데, 이에 대한 검찰의 기소율은 해마다 감소하고 있어 공무원 범죄에 대한 처벌이 미흡한 것으로 나타났다. 공무원 직무관련 범죄로는 직권남용, 직무유기, 독직폭행, 허위공문서작성, 업무상배임, 뇌물수수 등으로 구분하고 있는데, 공무원들의 직권남용에 대한 고소․고발이 사건이 가장 많이 접수되고 있으나 실제 기소된 사건은 ‘04년 0.9%, ’05년 0.5%, ‘06년 0.6%로 감소하다가 ’07년도에는 직권남용으로 접수된 1,097건 중 단 1건만 기소되었다. 직무유기에 대해서는 ‘04년 1,7%, ’05년 0.8%, ‘06년 1.0%, ’07년에는 1.1%만 기소한 것으로 나타났다. 특히 독직폭행에 경우, 수사기관에서 직권을 남용하여 체포 또는 감금하거나, 폭행, 가혹행위를 한 것으로 피해사실이 명확함에도 불구하고, 기소율이 1~3%에 불과해 “공무원 감싸기”라는 논란에서 벗어나기 어려운 것으로 보인다. 공무원 직무관련 범죄에 대한 접수건수가 ‘04년 4,639건, ’05년 5,828건, ‘07년 6월까지 3,636건이 접수되었으나, 기소율은 ’04년 12.3%에서 ‘07년 5.6%로 3년 사이에 절반으로 감소한 것으로 나타났다. 특히 법무부, 대검찰청, 법원, 경찰청 등 수사.사법기관의 공무원직무관련 범죄사건 접수건수가 상당히 높은 편인데 반해, 기소율은 다른 기관에 비해 상당히 낮은 것으로 나타났다.문병호의원은 대검찰청(10월31일) 국정감사에서 “대검찰청, 법무부, 경찰 등 수사기관의 공무원 범죄 접수건수가 다른 기관에 비해 상당히 높은 것은 사법기관에 대한 국민적 불신이 큰 것으로 볼 수 있다”고 밝히고, “공무원들의 직권남용․직무유기에 대해 검찰의 기소율이 낮은 것은 직원남용과 직무유기에 대해 민원인인 국민의 눈높이와 달리 검찰이 너무 관대하게 여기는 것”이라고 지적하였다.