이명박 대통령은 일본의 독도 영유권 명기에 대해 깊은 실망과 유감을 나타냈다. 미래 지향적 한일관계를 구축하자는 양국 정상의 합의를 일본이 스스로 무시했다고 비판했다. 이 대통령은 독도는 역사 문제뿐만 아니라 우리의 영토주권에 관한 사항인 만큼 결코 분쟁의 대상이 될 수 없다며 총력 대응을 지시했다.이 대통령은 모레 국무회의를 직접 주재하고 독도 문제에 대한 단호한 입장을 밝힐 것으로 알려졌다. 청와대는 관련 부처와 함께 총력 대응체제에 들어갔다. 청와대 관계자는 우리가 이미 실효적으로 지배하고 있는 상황에서 강경 일변도로 대응할 경우 일본의 분쟁지역화 노림수에 말려들 위험이 있지만 이번에는 단호하게 대처할 것이라고 밝혔다. 국민적 공분을 감안할때 초기에 미흡하게 대처할 경우 자칫 쇠고기 파문의 전철을 밟을 수도 있다는 판단이다. 청와대는 외교적 전면전도 불사하겠다며 한일 관계 악화의 책임을 전적으로 일본이 져야 한다고 경고했다. 청와대는 일본정부가 시정하지 않을 경우 9월에 일본서 열리는 한중일 정상회의 참석을 유보하는 방안까지 검토하고 있다.