다만 계엄 선포 이후 일부 기관이 불법 지시에 협조한 사실은 확인됐다고 밝혔다. 출입국 통제와 구금 시설 확보 관련 지시를 받은 법무부, 계엄 정당화 메시지를 주요 국가에 발송하라는 지시를 받은 외교부 등이 포함됐다.

정부는 이들 기관 소속 공직자를 포함해 110명을 수사의뢰하고, 89명에 대해서는 징계 조치하기로 했다.

군은 별도의 자체 감찰 결과를 내놨다. 계엄 선포 직전 평양 무인기 작전에 관여한 김용대 전 드론사령관 등 35명에 대해 파면 등 중징계를 결정했다.

또 비상계엄 당시 1군단장이었으며 이재명 정부 출범 이후 대장으로 승진한 주성운 지상작전사령관은 수사 대상에 포함됐다.

정부는 향후 계엄과 관련한 추가 감사나 감찰 계획은 없다고 밝혔다. 다만 군 내부에서는 방첩사와 정보사령부의 계엄 가담 의혹이 완전히 해소되지 않았다고 보고 있으며, 이에 대한 추가 수사가 이뤄질 것이라고 예고했다.