노무현 대통령은 탈당 의사를 밝힌 지난달 22일 열린우리당 신임 지도부와의 만찬에서 "운하가 우리 현실에 맞는 것이냐"며 이명박 전 서울시장의 한반도 대운하 구상에 실현가능성에 의구심을 표시한 것으로 알려졌다.이와 관련해 청와대 고위 관계자는 1일 "토목이 중심인 시대는 지났고 지금은 정보기술과 지식산업 시대"라며 이 전 시장을 겨냥했다. 특히 이명박 전 시장이 토목 경험을 강조해서 국민의 지지를 얻으려는 것은 "국민을 얕잡아 보는 것"이라고 덧붙였다. 한나라당은 명백한 선거 개입이라며 강력히 반발했다. 그러나 이명박 전 시장과 함께 3.1절 기념 마라톤 대회에 참석한 손학규 전 경기지사도 이 전 시장을 겨냥해 산업화와 민주화 세대를 가르는 것은 구시대적 사고방식이라며 공세를 게속했다. 이에 이 전 시장은 말을 아꼈다. 이 전 시장측은 청와대에 대해서는 "대운하 구상은 첨단 산업이 접목된 과학기술의 결정체"라며 이해 부족이라고 반박했다.