일부 중앙 정부부처와 지방자치단체가 예산을 방만하게 운용해 온 것으로 지적됐다. 감사원은 1일 발표한 ‘2005 회계연도(2005년 5월∼2006년 4월) 결산검사보고서'에서 지난 한 해동안 국가기관, 지방자치단체, 정부투자기관 등을 상대로 감사를 벌인 결과 2,044건의 위법ㆍ부당사항을 적발해 4,061억 원을 추징, 회수했다고 밝혔다. 감사원은 특히 지난해 말 기획예산처 등 125개 기관을 대상으로 한 정부예산 편성 및 집행 실태 감사에서 연도 말 불요불급한 예산 집행, 불법 전용, 부적정한 예비비 배정 등 49건을 적발했다. 중앙선거관리위원회 등 11개 기관은 연말에 시설비 등의 집행 잔액이 불용처리되는 것을 막기 위해 직원들의 해외연수, 운동기구 구입 등 시급성이 없는 항목에 118억 원을 집행한 것으로 드러났다. 또 문화관광부 등 6개 기관은 예산을 과다 편성한 뒤 집행되지 않은 81억 원을 경상경비 등으로 사용했으며, 해마다 청사 개ㆍ보수 시설비 예산을 반복 편성해 예산처 전용 승인도 없이 취사용품, 자료실 서가 구입비 등으로 6억 원을 썼다. 육군본부는 2004년과 2005년 부대운영비 관련 지급 소요액보다 30억 원을 많이 편성한 후 예산 편성과정에서 삭감된 ‘지상군 페스티벌 행사비’ 등으로 12억 원을 집행하기도 했다. 감사원은 37개 부처가 지난해 11월 이후 집행 예정인 예산의 집행 필요성 등을 집중 점검해 3,028억 원에 대해서는 불필요하거나 시급하지 않은 것으로 판단, 집행하지 않도록 조치했다. 이와 함께 목적과 달리 보조금을 사용하거나 장기간 보조금을 사장하는 등의 국고보조금 집행 관리가 부적정한 사례도 적발됐다. 경남 남해군 등 6개 기관은 보조대상 사업이 아닌데도 보조금을 신청하거나 보조금 44억 원을 목적 외 사업에 전용했으며, 마산시는 입지선정도 하지 않은 채 폐기물처리시설 보조금 67억 원을 받아 지난해 말까지도 집행하지 않았다. 또 해양수산부는 한국해양연구원이 2001∼05년 총 8차례에 걸쳐 용역성과를 제출하지 않았는데도 용역비 11억 원을 지급하는 등 연구용역비를 부당하게 집행한 것으로 파악됐다. 감사원은 이에 따라 기획예산처장관 등에게 출연기관 결산 잔액에 대한 세부 집행기준을 마련토록 하고 예산낭비 관련자에 대해서는 고발이나 징계 조치했다. 아울러 전용 예산으로 신규사업을 무리하게 추진하거나 승인없이 예산을 목적 외로 사용하는 일이 없도록 주의를 요구했다.
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