제주특별자치도에서는 2006년부터 연차적으로 시행해온 유해발굴 사업의 2단계 2차 사업을 제주공항 남북활주로 동북측 지점을 대상으로 9일 개토제를 시작으로 발굴사업을 실시한다. 이번 유해발굴작업 대상지인 제주공항 남북활주로 동북측지점은 사건 목격자 및 유가족 증언에 따라 1949. 10월, 2차 군법회의 사형수 249명이 군·경에 의해 학살·암매장된 것으로 추정되는 곳으로 학살·암매장 이후, 제주국제공항 확장 공사로 인해 당시 지표보다 10여 미터 복토된 상황. 이 과정에서 암매장 상태가 교란됐을 가능성 있다고 예상되어 발굴사업의 어려움이 예상되는 곳이다. 이번 사업을 위해 제주특별자치도는 수개월간의 제주항공관리사무소 및 한국공항공사 제주지역본부 토목팀의 적극적 협조 하에 (사)제주4·3연구소와 협약을 체결하여 9월 10일부터 본격 발굴작업을 착수할 예정이다. 한편 4·3유해발굴 사업은 2006년도 화북지역을 시작으로 2007년 제주공항 1차 남북활주로 서북측 지점을 거쳐 3개년간 연속 사업으로 진행되고 있으며, 화북지역은 총 10구의 완전유해 중 2구가 신원확인 되었고 2007년 제주공항 1차 유해발굴 사업은 총 123구가 발굴되어 이중 완전유해 54구에 대하여는 DNA분석중에 있고 나머지 부분유해 69구에 대하여는 추후 DNA검사를 실시할 계획에 있다. 제주특별자치도는 3년동안의 4·3유해발굴 사업을 통하여 4·3당시 억울하게 희생된 영령들이 넋을 해원하여 화해와 상생의 길을 모색해나가고 있다.