정부는 3일 북한 외무성의 핵실험 성명 발표와 관련해 경보체계 강화 조치를 취하고 관련국들과 협의에 들어갔다. 정부는 이날 오후 6시40분 청와대에서 송민순 안보실장 주재로 관계부처 고위급 대책회의를 열고, 기존에 준비해 온 '북한 핵실험시 대처방안'에 따라 현재 상황을 검토하고, 정부의 대응 방향 등을 점검했다. 또 북한의 핵실험과 관련한 경보체계 강화조치와 함께, 이에 대해 관련국들과의 협의에 들어갔다. 이날 회의는 오후 8시 40분까지 진행됐으며 북핵 불용의 원칙에 입각해 심각한 유감을 표하지 않을 수 없다는 데에 의견이 모아졌다. 회의에는 송민순 안보실장, 서주석 안보수석, 이관세 통일부 정책홍보본부장, 천영우 외교부 평화교섭본부장, 이성규 국방부 국방정보본부장, 최준택 국정원 3차장 및 안보관련 비서관 등이 참석했다. 이에 앞서 안보실은 오후 6시 5분 북 외무성 발표 직후 부속실을 경유해 노무현 대통령에게 관련 사안을 보고했으며 노 대통령은 ‘알았다’고 언급했다. 노 대통령은 북핵 불용의 원칙을 누차에 걸쳐 천명했으며, 최근 한미정상회담에서도 “북한이 만일 핵실험을 한다면 이제까지와는 전혀 다른 상황이 될 것”임을 언급한 바 있다. 정부는 오는 4일 오전 이와 관련해 장관급 안보정책조정회의를 개최할 예정이다. 한편 북한 외무성은 이날 오후 6시 조선중앙방송과 조선중앙통신 등 북한의 전 매체를 통해 "조선민주주의인민공화국 과학연구부문에서 앞으로 안전성이 철저히 담보된 핵시험을 하게 된다"는 성명을 동시에 발표했다.