정부는 15일 부동산 보유세 개편 방향과 관련, 참여정부 임기가 만료되는 오는 2008년까지 보유세 실효세율을 2003년 기준으로 2배 수준으로 높이고, 장기적으로는 0.3~0.5% 수준으로 높여나가기로 했다. 노무현 대통령은 이날 오후 청와대에서 국민경제자문회의 제2차 부동산 정책회의를 주재한 자리에서 "투기목적의 부동산 소유 유인이 제거되도록 보유세 강화의 원칙하에 보유세 실효세율을 중장기 목표를 세워 단계적으로 높여나가라"며 이같이 지시했다고 조윤제 보좌관이 전했다. 노 대통령은 그러나 "조세부담이 한꺼번에 급격하게 상승하는 일이 나타나지 않도록 과표 적용률 조정 등을 통해 보유세를 단계적으로 강화되도록 하라"고 지시했다. 노 대통령은 특히 "주택은 처음으로 건물과 토지를 통합해 과세하는 만큼 형평성 시비가 일어나지 않도록 차질없게 준비하라"고 당부했다. 노 대통령은 또 "우선 과세표준의 산정에 있어 근거가 되는 국세청 기준시가의 정확성과 신뢰성 제고를 위해 관련 시스템을 조속히 정비하고 기준시가가 없는 단독주택도 공동주택과의 형평성이 확보될 수 있도록 하라"고 지시했다. 노 대통령은 특히 "종합부동산세 합산대상에서 제외되는 임대주택의 범위는 좀 더 깊이 검토한 후 10월까지 결론을 내리도록 하라"면서 "2005년 하반기부터 시행되는 실거래가 신고제와 관련해 취득세와 등록세 등 거래세 부담이 증가하지 않도록 배려하고 보유세 강화가 정착돼 감에 따라 거래세 부담을 낮춰 가도록 하자"고 말했다. 노 대통령은 이와 함께 "세율체계는 주택 데이터베이스를 구축한 후 시뮬레이션을 거쳐 결정하되 현재보다 크게 단순화하는 방안을 마련하도록 하라"고 지시했다. 한편 이번 회의에서는 지난 50년 이상 주택에 대해 토지와 건물을 구분평가, 과세해온 방식으로는 세부담의 불형평 문제를 시정하기 어렵다고 보고 이를 획기적으로 개선하기 위해 통합평가, 과세하는 방안을 추진키로 했다. 아울러 투기 목적의 부동산 과다보유를 억제하기 위한 보유세 기능을 강화하고 새로 종합부동산세를 도입키로 했다. 정부는 부동산정책회의에서 논의된 사항을 토대로 광범위한 여론수렴을 거쳐 10월말까지 정부안을 확정·발표한 후 내년 1월부터 시행될 수 있도록 이번 정기국회에서 관련 법률의 제·개정을 추진할 계획이다.