최근 독도에 대한 국민의 사랑과 관심이 높아지고 있는 가운데 독도의 실효적 지배국으로서 생태계 주권을 지키기 위한 대책도 강화되고 있다. 독도는 화산섬으로 이루어진 지정학적인 위치에도 불구하고 다양한 생태계를 간직하고 있다. 지난 2천6년 실시된 정밀조사에서 조류 107종, 식물 49종, 곤충 93종이 서식하고 있는 것으로 나타났다. 특히 멸종위기종 1급인 매와 2급인 물수리 등 멸종 위기 8종의 서식도 확인됐다. 환경부는 일본의 계속되는 독도 영유권 도발에 맞선 실효적 지배권의 하나로 생태계 주권을 확고히 지키기로 했다. 이를 위해 독도 생태계 모니터링을 1년에 한 번에서 서너 번으로 늘리고 5년 마다 사계절 정밀조사를 실시하기로 했다. 또 일제 강점기 일본인의 남획으로 자취를 감춘 바다사자를 복원하기 위해 오는 2천10년까지 서식 가능성을 조사한 뒤 독도에 바다사자를 방사할 계획이다. 독도의 생태계를 보전하면서 독도가 우리의 영토임을 알리기 위한 생태계 주권 사업이 활발히 펼쳐지고 있다.