제주특별자치도 해양수산자원연구소(소장 김수완)에서는 전남대, 제주대, 충남대와 공동으로 농림수산식품부 2009년 수산특정연구과제로 「유용수산생물 유전자 지도 작성 및 산업화 연구」가 채택됨에 따라 분자육종에 의한 돌돔 품종개량 연구를 본격적으로 착수하게 되었다.이 연구과제는 2008년 11월부터 2013년 10월까지 5개년에 걸쳐 국비 20억원(전액국비)의 연구비가 지원되는 사업으로서 차세대 양식대상어종으로 기대되는 돌돔 품종개량 연구를 수행하게 된다.그동안 제주의 육상양식 년간 생산량은 넙치가 21,892톤(양식생산량의 98.1%)으로서 단일품종 위주로 양적인 성장을 하였으나, 최근 대량생산과 홍수출하에 의한 어가하락, 사료값 및 유류비 상승에 의한 생산원가 상승 등 양식채산성이 점점 악화되고 있는 시점에서 양식품종의 다양화를 통한 양식산업 구조의 다변화가 절실히 요구되고 있다. 한편 돌돔은 다년간에 걸친 방류사업과 양식기술 개발로 대량 양산체계가 확립된 품종으로서 시중가격이 150,000원/kg에 거래되는 맛있는 고급어종으로 넙치를 대신할 경제성이 있는 품종으로 인정되고 있다.하지만, 돌돔은 성장이 느리고 병에 약한 단점이 있어 산업적인 양식대상 어종으로서 외면되는 실정으로 품종개량을 통한 돌돔 육종연구가 그 어느때 보다 절실히 요구되는 실정이다.따라서 본 연구의 목적은 산업적 양식가능성이 높은 돌돔을 대상으로 분자육종 기법을 적용하여 성장이 빠르고 병에 강한 돌돔의 유전적 특성을 구명하고, 돌돔 유전자 지도 및 특이형질에 대한 유전자 마커를 개발함으로서 우량형질의 돌돔을 선발하고 개량하여 산업화 하는데 있다. 연구추진 과정은 전남대에서 내병성 및 유전능력 평가, 교배계획 수립, 제주대에서는 속성장 관련 특이유전자 탐색 및 마커개발, 충남대에서는 돌돔의 유전자 지도 작성을 하게 되며, 해양수산자원연구소에서는 돌돔 계통관리, 종묘생산 및 평가, 수정란 생산 및 분양 등 산업화를 중심으로 연구가 진행될 계획이다.본 연구가 완료되면 유전자 마커를 활용한 분자육종으로 우량형질의 돌돔을 개발하고 수정란을 생산하여 민간에 분양함으로서 양식어업인의 소득을 증대시키고, 넙치위주의 양식산업 구조가 다품종 양식산업 구조로 전환됨에 따라 최근 보여지고 있는 양식넙치 가격하락을 막는 역할 또한 기대된다. 또한 이러한 육종연구를 통해 향후 다금바리, 붉바리 등 제주 특산어종으로 확대적용 함으로서 FTA, 개방화 시대 양식산업 경쟁력 강화에 크게 기여할 것으로 기대된다.