과학기술부는 북한 핵실험과 관련 위기 대응반을 가동하여 북한 핵실험에 따른 방사능 오염 여부를 감시하고 있다. 통상 지하핵실험시 필요한 안전조치를 하였을 경우 우리나라 지역의 방사능 피해는 거의 없을 것으로 예상되고 현재까지 환경 방사능 준위는 이상 징후가 없다. 만일의 경우에 대비하여 과학기술부는 전국 12개 방사능 측정소와 38개 환경 방사능 자동감시망을 비상 가동하여 실시간으로 방사성 물질을 탐지하고 있다. 또한 과학기술부는 2003년부터 방사능 방재시스템을 가동해오고 있으며, 필요할 경우 관련 조치를 취할 수 있도록 만반의 태세를 갖추고 있다.