개별 부처 위주로 추진되어 오던 대학재정지원이 국가 정책방향과 기존 사업 간의 연계성 등을 고려해 체계적이고 종합적으로 지원된다. 교육인적자원부는 지난해 11월 대학특성화 추진방안 보고 때 노무현 대통령의“정부부처의 대학지원예산을 전체적으로 파악해 이를 연계·활용해야 한다”는 지적에 따라 과학기술부·산업자원부 등 13개 부·처·청을 대상으로 정부 대학재정지원사업의 성격과 지원분야를 분석했다. 조사결과 2005년 현재 우리나라 대학 총 재정규모는 GDP의 2.5%인 20조 885억 원이고 정부의 대학재정지원규모는 4조 4,878억 원으로 대학재정의 22.7% 수준이었다. 이는 OECD 평균 78.1%에 크게 미치지 못하는 수준으로 결국 정부의 대학재정지원액의 부족은 고등교육 여건의 상대적인 낙후와 사립대학의 등록금 의존도를 심화시키는 문제를 야기시키고 있는 것으로 밝혀졌다. 대학재정지원 배분 현황과 사업 간 유사성 검토에서는 각 부처가 대체로 고유 업부영역을 중심으로 사업을 추진하고 있으나 일부 사업 간 연계 ·조정이 강화될 필요성이 제기됐다. 특히 지역혁신 관련 일부 사업의 경우 연계를 통한 시너지 효과를 제고할 수 있을 것이라고 지적됐다. 교육부는 이에 따라 재정지원 사업을 추진할 경우 '대학특성화지원전문위원회’에서 사전협의를 통해 사업지원의 효율성을 강화해 나가기로 했다. 또한 지역혁신 관련 6개 사업에 대해 사업별 집행과정과 관리시스템을 분석하고 사업성과를 비교해 사업 간 연계방안을 제시키로 했다. 대학재정지원사업 분석도 정례화해 DB를 구축, 각 부처에 정보를 제공키로 했다. 한편 교육부는 대학경쟁력 강화를 위해 정부 대학재정규모의 획기적 증액이 요구되나 정부의 예산이 한정된 점을 고려해 지방자치단체와 민간의 대학투자를 활성화하고 대학의 수익사업 활성화 등을 위한 제도개선을 병행해 나가기로 했다.