정부는 제주지역 5개 사립고교가 신입생 배정표 수령을 거부한 것과 관련, 이들 학교들의 신입생 배정 거부가 현실로 나타나면 엄정한 법적 조치를 취하기로 했다. 교육인적자원부는 6일 사립고교들이 오는 9일로 예정된 제주지역 고교생 신입생 예비소집을 거부하거나 방해하는 등의 사태가 빚어질 경우 학습권 보호 차원에서 모든 수단과 방법을 동원, 엄정 대처키로 했다. 교육부는 초·중등교육법상 교육감의 권한인 신입생 배정은 ‘통보’로 이미 배정행위가 끝나는 것이므로 제주지역의 경우 5일자로 신입생 배정을 완료했다는 입장이다. 따라서 5개 사립고가 학생명부를 수령하지 않은 것 자체로는 신입생 배정 거부행위로 볼 수 없으므로, 예비소집의 거부나 방해가 이뤄지지 않는 한 신입생 모집 과정에는 문제가 없다는 것이다. 그러나 제주지역 고교들이 예비소집을 거부하는 사태가 실제로 벌어지고 이어 타 지역 사학들이 실력행사를 계속할 경우, 법에서 정한 대로 학교장에게 시정명령 등의 조치를 취해 나간다는 계획이다. 교육부는 사학들이 시정명령에 불응할 경우 학교장과 설립경영자를 고발하거나 학교장의 해임을 요구하고, 재단에 대해 임원 승인을 취소하는 한편 임시이사를 파견하는 등의 강경한 조치를 내릴 방침이다. 이와 관련, 교육부 김영식 차관은 “교육정책에 대한 의견은 다를 수 있으나 어떤 단체든 자기주장을 관철하기 위해 학생의 학습권을 볼모로 삼는 일은 곤란하다”며 “신입생배정 거부 같은 투쟁 방식을 고집할 것이 아니라 기왕에 마련된 사학법 시행령 개정위에 참여, 대화를 통해 이견을 좁히고 사학법 개정의 취지를 함께 살려나가는 자세가 중요하다”고 말했다. 한편 법조계에서는 신입생 배정 거부와 함께 사학재단들이 사학법 거부의 수다으로 학교 폐쇄 등의 주장을 펼치고 있지만 이는 현실적으로 불가능하다고 해석하고 있다. 현행 초·중등학교법 제 65조는 학교폐쇄가 정상적인 학사 운영이 불가능할 경우 관할청이 학교에 내리는 제재수단이므로, 학교법인이나 사학이 독자적으로 학교를 폐쇄할 권한은 없다는 것이다. 물론 학교법인이 학교폐쇄를 신청할 수는 있으나(동법 제 4조, 제 3항) 이 과정에서도 교육감의 인가를 얻도록 규정하고 있다. 그러나 사학법 개정이 학교폐쇄의 이유가 될 수 없으므로, 사학 폐교에 대한 인가는 가능하지 않다는 것이다.