올 3월말까지 법인세를 신고·납부해야 하는 12월 결산법인은 법인세율을 2% 포인트를 낮춰 계산해야 한다. 이에 따라 과세표준 1억 원 이하인 법인은 법인세율을 15%에서 13%로, 1억 원 초과 법인은 27%에서 25%로 잡고 법인세를 산정하게 된다. 재정경제부는 5일 ‘2006년 3월 법인세 신고 시 달라지는 제도’ 자료를 통해 지난해 말 국회를 통과한 세법개정안에 따라 이번 법인세 신고분(2006년 3월 신고)부터 이 같이 달라진다고 밝혔다. 각종 감면을 적용받는 경우도 법인이 최소한 납부해야 하는 최저한 세율이 13%로 2% 포인트 인하된다. 단, 1000억 원 초과 기업은 15%로 그대로 유지되며 중소기업도 10%로 변함없다. 한편, 해운법상 외항여객이나 화물운송업자는 톤세제 도입에 따라 해운소득에 대해 실제 소득대신 간주이익을 기준으로 법인세를 내게 된다. 간주이익이란 개별 선박의 ‘순톤수×1톤당 1운항일 이익(4~14원)×운항일수×사용률’의 합계액이다. 법인 간 배당에 대한 익금 불산입 비율도 50%에서 100%로 상향조정되며, 법인이 퇴직연금 부담금으로 지출하는 금액이 손금산입 대상에 추가된다. 또 자기자본의 4배를 초과하는 차입금을 보유하는 법인에 대해 4배 초과 차입금에 대한 지급이자를 손금불산입하는 제도가 폐지되며, 보험업 법인이 예정사업비의 1.1배를 초과해 지출한 사업비도 손금산입된다. 전년대비 매출액을 1.3배 초과해 신고한 중소기업에 대해 전년대비 업종별 평균증가율보다 증가한 매출액에 상당하는 법인세를 2년간 경감한다. 자격요건은 전사적 자원관리(ERP) 등을 도입한 중소기업으로서 자산규모 70억 원 미만이고 매출액이 50억 원 이하인 법인 등이며 첫해 100%, 다음해 50%가 경감된다. 연구 및 개발사업 등 지식기반산업을 영위하는 합명·합자회사는 이익의 90% 이상을 출자자에게 배당하는 경우 전액 과세소득에서 공제할 수 있다.